Flora
O sapal.
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Na vegetação da Reserva Natural do Estuário do Tejo destaca-se a vasta mancha halofítica (i.e. que tolera o sal) ou de sapal que bordeja o estuário. Constituída sobretudo por gramíneas e arbustos de pequeno porte, que colonizam os solos de vasa compactada nas margens estuarinas até onde chegam as marés, representa a continuidade da produtividade primária entre o ambiente aquático e o terrestre. Estas plantas vasculares constituem os principais produtores primários do estuário, tendo a sua produção anual de biomassa sido estimada em 17.790 ton. de carbono/ano.
Onde a maré chega menos vezes ou existe afluência de água doce, ocorre um cortejo de plantas que inclui o valverde-dos-sapais Suaeda vera, o malmequer-da-praia Aster tripolium, a morraça Puccinellia maritima, a madorneira-bastarda Inula crithmoides, o limónio Limonium spp. e a salgadeira Atriplex halimus. Mais a montante, onde a salinidade das águas é bastante baixa, o junção Scirpus maritimus e o caniço Phragmites australis dominam as margens formando extensas manchas de caniçal.
Salgadeira Atriplex halimus com as suas folhas esbranquiçadas e o limónio Limonium vulgare (® Cristina Girão Vieira).
No ambiente aquático propriamente dito são ainda de referir a existência de fitoplâncton (produção primária estimada em 4.400 ton. de carbono/ano, em toda a área estuarina); do microfitobentos, predominantemente constituído por algas unicelulares do grupo das diatomáceas que proliferam à superfície das vasas e areias, realizando fotossíntese enquanto se encontram expostas à luz durante a maré vazia (produção primária estimada num valor próximo de 11.000 ton. de carbono/ ano, em toda a área estuarina); e de algas macrófitas, representadas sobretudo pela bodelha Fucus vesiculosus, pela alface-do-mar Ulva lactuca e pela gracilária Gracilaria verrucosa (produção primária estimada em 4.000 ton. de carbono/ano, em toda a área estuarina).
No ambiente terrestre (mouchões, lezíria sul e área de Pancas), a vegetação natural é constituída sobretudo por espécies herbáceas que formam pastagens naturais ou crescem espontaneamente nas orlas dos campos cultivados, pastagens naturais, restolhos e fases iniciais de cultivo. Espécies arbustivas e arbóreas desenvolvem-se numa estreita faixa arenosa que atravessa os campos argilosos da lezíria a jusante do Sorraia, assim como na sebe seminatural que delimita os terraços plistocénicos no limite nascente desta Área Protegida.
